位於花蓮縣卓溪鄉崙山村崙山9鄰87號，隸屬布農中會。
1944年（昭和19年），天祥布洛灣（Busingan）的太魯閣族人姬望（Chi Wang），來到三立山（Mikasaiama）今古村部落，祕密宣揚福音。當時本村的太魯閣族人也參與聚會，其中部分崙山太魯閣族人早已歸信基督。然而當時時值日本統治末期，嚴格管制山區部落出入，信徒為參加主日禮拜，得掩人耳目，全家人帶鋤頭、背籠假裝上山工作，前往山上的聚會點禮拜。崙山部落負責召集的人是太魯閣族的歐永和（日名森山），後為崙山教會第1任宣道師。這段期間，布農族人松野太郎（漢名蘇虎林，原名Sunavan），娶了太魯閣女子蘇河妹（Ipai），將福音帶入家族中，全家歸信基督。戰後宗教信仰恢復自由，蘇虎林引領鄰居高蓮池（Nani Tanapima）、田長結（Pima Tanapima）參加崙山聚會所的禮拜，當時因布農族和太魯閣族之間語言互通，禮拜時並沒有區分太魯閣和布農族。崙山布農族的基督信仰正是在此時萌芽。
1947年（民國36年），漢人胡文池牧師舉家受派關山，宣揚福音。1949年（民國37年），胡文池牧師（後來取布農族名Qusung）在玉里教會舉辦基督教福音活動，部落指派田光明、施景棋參與並研習布農文字。田光明參加聖經班後深受詩歌、聖經掛圖的故事而感動，歸信基督。會後，田光明返回社區後積極傳教，引領Muuz Namilingan、Abus、Qaisul Namilingan、Ali（卓貞妹）、Luli（卓有義）、Niun（卓宏妹）、Manan（卓有初）、Abus（卓洋妹）、Manan Qalmutan（影山萬吉）、施景棋（Umas Sunavan）、田定民（Manan Tanapima）等人歸信基督。當時崙山部落的布農族之中，已有超過50人歸信基督。每次主日禮拜，由田光明帶領信徒前往崙山教會禮拜，並由太魯閣族歐永和宣道師帶領聚會。
1954年（民國43年），崙山教會的信徒日益增多，禮拜場所空間有限，加上語言阻礙，幾經協調討論，最後教會決定分設布農族的第二崙山教會分會，由田光明為首任傳道者。後來，崙山第一教會（現崙太教會）歸入太魯閣族主導的宣教組織，崙山第二教會歸入當時漢人胡文池牧師主導的布農宣教計畫。
從宣教歷程來看，崙山教會有別於其他布農族教會，布農族教會大多是胡文池牧師帶來的宣教熱潮，但崙山教會卻是太魯閣族在日本時代的開拓成果。
1963年（民國52年），布農族信徒日漸增多，各種團契相繼成立，需要更寬廣的場所容納聚會人數，經信徒決議，籌備興建大型禮拜場所。信徒影山作次（漢名景秀山，原名Pisaz Qalmutan）、Muuz Namilingan（卓紅妹之父）奉獻土地（現址），全體信徒奉獻基金，自製磚塊、自行搬運泥砂等建材，由崙天的Limichu負責起造，一切工作均由信徒分工，不到半年便完成興建，於當年8月獻堂啟用。
本會迄今（2023年）歷任牧者不詳，已知有歐永和、田光明、田定義、吳聰文、江清金、田貴興、許幸福、田正義、田東波、陳天順、溫光亮、馬羅大。
本會2023年（民國112年）有在籍會員113名，慕道友6名。
參考文獻：