1972年有一本名為《馬偕博士略傳‧日記》的中文版本日記出版，後來也經過數次再版，所以目前大多數人都以為這是原始馬偕日記的翻譯，事實上這本日記是馬偕的獨子偕叡廉先生（George William Mackay）由原始馬偕日記選譯部分內容成為臺語羅馬字，再由陳宏文牧師翻譯成為中文。
馬偕日記的原始稿本原本是由馬偕的子孫分別保管，後來他們覺得這些史料非常珍貴，並且應該歸屬於臺灣人民，因此全部日記稿本在1995年由美國送回臺灣，目前保留在「牛津學堂」當中。
馬偕日記共計有十二本卷期如下：
第一本：1871年11月至1873年11月。
第二本：1873年11月24日至1875年6月30日。
第三本、第四本合訂：1875年7月1日至1884年12月31日，其中1883年日記失落。
第五本：1885年1月1日至1885年12月31日。
第六本：1886年1月1日至1887年12月31日。
第七本：1888年1月1日至1889年6月30日。
第八本：1889年7月1日至1890年11月30日。
第九本：1890年12月1日至1892年5月31日。
第十本：1892年6月1日至1894年4月30日。
第十一本：1894年6月1日至1898年6月30日。
第十二本：1898年7月1日至1901年2月10日。
檢視這十二本日記，大部分是以厚重精裝的日記本寫成，不管紙質和封面都非常堅固，但是由1875年到1884年底，所用的日記本卻是非常脆弱，字體細小。全部的內容是以英文草體書寫，字體有大有小，大的可到14號字體的大小，但是第三本日記卻必須藉助放大鏡才能清楚閱讀。
馬偕日記的記錄習慣，大小寫並不固定，有時句子開頭是小寫，但是中間卻跑出大寫字，有的地方一個單字甚至只畫上一條線，上面再點上一點。因此必須看前後文才能瞭解書寫的內容。有時一個句子，逗號和句號很難分別，再加上蛀蟲咬破的小洞，使得手稿的閱讀相當不易。
馬偕日記不只用英文書寫，其中也有許多的臺語羅馬字地名與人名、醫學與植物學的拉丁文名詞，這都是研讀日記的挑戰。除了語言以外，讀者也必須對19世紀臺灣歷史、地名、人名、族群關係、西方基督教歷史、社會文化議題有所瞭解。
由於馬偕曾多次接觸噶瑪蘭、道卡斯、南勢阿美、賽夏族等原住民，在日記當中也保留相當多當時的觀察記錄，所以是瞭解日治以前臺灣原住民生活情境與風俗習慣的重要史料。例如南勢阿美族的民族誌資料、猴猴社的語言資料與傳說，噶瑪蘭族接受基督教的過程、幾度雪山之行與原住民接觸的記錄、與道卡斯族及新港社宗教信仰的衝突等資料。
參考文獻：