位於花蓮縣玉里鎮觀音里高寮202-1號，隸屬阿美中會。
日本時代至1947年（民國36年），觀音山教會多次前往高寮部落，透過「紙芝居」的形式傳教（編註：「芝居」是戲劇的意思。紙芝居就是以紙繪圖，藉著一張張的圖畫來說故事。類似借幻燈片展示故事），但當時居民主要視其為娛樂活動，尚未接受基督信仰。1947年（民國36年），林清吉（Asing`Afu）自南洋回到台灣，他曾是日本自願軍，在二戰期間成為美軍戰俘後接受基督信仰，回台後積極在高寮部落傳教。1948年，林清吉邀請在高寮的3家近親（本家、林信榮、林東衡）全家入信，每週日帶領他們前往觀音山教會參加禮拜。隨後，東部中會的卓恆利牧師與其他長老也前往高寮部落舉行不定期的佈道活動。1951年（民國40年）以前，高寮教會的信徒合計有170名，其中成人與子女各占一半。此外，林清吉也積極向山下部落宣揚福音，帶領表姊夫張忠吉、陳修福歸信基督教。他們在觀音山教會初步紮根，並由張陳兩人引領所有山下部落的族人。
然而，由於觀音山教會的主日主要以台語傳講，對阿美族信徒來說理解不易。後來，觀音山教會聘請許南免傳道，以台語和阿美語雙語牧會，亦聘請黃慶豐宣道師擔任助理傳道。隨著語言、聚會所容納空間、交通、經濟等問題接連浮現，高寮與山下部落的阿美族長執決定分別獨立行事，並在山下部落搭建茅草房禮拜堂，由黃慶豐宣道師帶領主日禮拜。後來，高寮教會的信徒人數持續增長，林清松、李修福兩人組成青年聖歌團，積極以詩歌傳教，又有李福生全家（林清吉的表妹夫）、謝文源全家（林清吉的表弟）歸信基督教。
民國40-50年代（1951-1961年），隨著戰後社會變遷，高寮部落的年輕人大多移居都市，留在部落的多為年長者，教會信徒人數減少，主要依靠老年津貼來維持教會運作，無法負擔聘請牧者的費用。隨著台灣社會的發展，部分信徒也開始在其他地區建立新的信仰群體。此外，台灣也從農業社會慢慢轉型為工業社會，農務工作也逐漸機械化，少部分高寮部落青年開始往外地謀職。民國60-70年代（1971-1981年），以農為業的青年已減至1/3，攜眷往台中梨山、基隆礦場、花蓮、高雄工作定居。民國70-80年代（1981-1991年），部落青年悉數定居外地，大多分布於新竹至宜蘭一帶，西美中會所設立的教會裡幾乎都有原屬高寮教會的子弟。新生代青年外移謀生者，如林金源、林清枝、黃金鵬等人多是同時離鄉，目前他們已成立高寮旅北同鄉會。
政府曾派遣農業技術人員協助非洲國家，如林錦光便是受派前往非洲邦交國賴索托共和國，擔任農業技術團的指導技術人員。林錦光將這項計畫向故鄉的親友商議，並以南星公司之名創立事業。受林錦光之邀，攜眷移民南非經商的親屬及友人，共18戶，68名人口，這些成員都是基督徒家庭，平時忙於事業，假日期間以巡迴方式在成員住家聚會，由林錦光帶領。1992年（民國81年），賴索托共和國發生政治暴動，教徒成員紛紛遷離，輾轉移居南非共和國，並生活在同一個城裡以便互相照應。這段期間，每遇主日就輪流在住家舉行聚會；空間無法容納時，便以野外禮拜的方式聚會，並完全以阿美族語舉行禮拜。1995年（民國84年），高寮教會小會決議，成立「高寮分會南非威波南基督長老教會」，由阿美中會特派議長林茂德牧師前往主持設立感恩禮拜，參與觀禮的牧師有曾傳火、張久連、張英華、張秋蘭、潘清誠等牧師，以及高寮教會的長老李修福、林清松。南非威波南教會的首任長老為吳輝昌、林錦光、吳榮昌、杜勝雄，執事為潘文成、吳榮福。
由於賴索托共和國政局不穩，原高寮教會的信徒散居南非各地創業，主日無法在同一據點聚會，只能就近參加當地華人教會。林錦光、林淑芳、林秋芳3家參加英屬教會，其他成員因子女教育、財產管理等問題，相繼回到台灣。此外，威波南教會飽受雨季洪水侵襲，政府為顧及安全也早遷走當地住戶，教堂亦被徵收歸公。儘管南非威波南教會的設立僅有短短的5年，但是對旅居南非的阿美族人來說，每當異鄉事業不順遂、思鄉心切時，教會便是凝聚眾人之地，即便教會消亡，但信仰仍在。
本會迄今（2023年）歷任牧者不詳，已知有吳明正、吳進昌、曾傳火、馬撒歐．尼卡爾、林金源。
本會2023年（民國112年）有在籍會員115名，慕道友19名。
參考文獻：