位於花蓮縣壽豐鄉溪口村溪口路131號，隸屬阿美中會。
1950年（民國39年），張文治在南華教會接受基督信仰，便回到故鄉溪口向家人傳教，母親陳春明、父親林大芒因此入信，這便是溪口村最早的基督徒。1951年（民國40年），吳健豐（Afo'）宣教師來到溪口，暫借表親吳在清的住宅傳教，有吳在清、鄭秀英夫婦入信，溪口社區自此始有不定期的聚會。
1951年（民國40年）4月，「溪口教會」成立，依然暫借吳在清的住宅禮拜，此時信徒共有9人，由囑託傳道曾文亮負責主日崇拜、週間活動。早期溪口村的信徒必須涉水到北區，例如南華教會作禮拜。有了家庭教會後，信徒數逐漸增加。1951年（民國40年）11月，全體信徒推派曾文亮、張明福、林福期3人為建築委員，策劃興建茅草屋教堂，並於隔年12月獻堂，由信義教會的牧師袁福來主持典禮。
1954年，曾文亮牧師調離到其他教會，本會由王玉信宣道師協牧，一般會務大多由當時任教溪口國小的張明福長老、林福期顧問負責。張明福長老認為教會位處溪口社區的最北方（下部落），而市集、學校、警察局、火車站都位於溪口村上部落，便鼓勵信徒遷移教會。1956年，林金生長老的父親林烏成，轉讓教會現址後半段近溪口一街的土地，教會正式遷移到現址。隨後，張明福長老購得前段溪口路邊的建地，因此便在1957年（民國46年）開始興建瓦屋教會，由南華教會的曾福榮長老設計，會友獻工建堂，同年順利完工。
1958年（民國47年），會友葉進來協助教會興建幼稚園，由吳麗華（張明福長老之妻）、林秋滿擔任幼稚園第1任老師。溪口教會的幼稚園在後期才立案更名為「培育幼稚園」，於1987年（民國76年）停辦，前後歷時29年，是當時花東地區少數由教會辦理的幼稚園之一，培育許多社區孩童。
1965年，曾擔任玉山神學院院長的吳明義牧師受派至本會牧會，並於1967年（民國56年）離任，前往砂勞越從事海外宣教。
1967年（民國56年），教會決定拆除瓦屋教會，重新建造水泥房禮拜堂，新教堂同樣由南華教會的曾福榮長老設計。當時建成的水泥教會只建好1層樓，至於現在的2樓圓頂，是直到1970年（民國59年）張明福長老退休時，奉獻其部分退休金，才得以增建今日的圓頂外觀。當時負責這項工程的人員，分別是蔡福正、張依志、張建智等人。
水泥房教會建好之前，教會並沒有牧者宿舍。除了曾文亮牧師家住本地以外，無論是王玉信宣道師協牧、吳明義牧師任職傳道時，所有牧者牧會時都是克難安身。1991年（民國80年），曾文亮牧師眼見教會無牧師館有諸多不便，又聘請林玉心幹事卻無辦公、居住空間，因而籌建牧師館，由張阿連、林福期、張建智3位長老共同設計執行，工程於同年9月完工。1992年（民國81年），曾文亮牧師轉調森榮教會牧，教會行政暫由林玉心幹事與長老代理。
1993年（民國82年），林玉心幹事任期屆滿，8月由陳福春牧師接任本會第6任牧者。陳福春牧師上任後，以「愛你的鄰舍」為理念，積極開拓各項社區事工，例如舉辦「兒童母語及老人國語」比賽、暑期兒童課輔營、參與部落豐年祭並表演傳統原住民舞蹈，並受邀各地演出，備受好評。
1995年（民國84年）3月，教會舉辦慢速壘球比賽，首次邀請社區村民一起參與。同年6月，舉行45週年紀念館開工典禮，擴建教會2樓的教育館，成為現今的傳統文物展示區、主日學教室、兒童圖書室、週間課輔教室、暑期夏令營同工宿舍等多項用途，奠定教會未來發展的基石。
近年來，教會持續開發各項資源，結合公部門與私人團體的經費和人力，拓展傳教事業。並與各單位協作，辦理兒童、婦女、老人關懷活動，亦定期邀請壽豐鄉衛生所舉辦健康講座。
本會迄今（2023年）歷任牧者不詳，已知有曾文亮、王玉信、吳明義、陳福春、楊阿華。
本會2023年（民國112年）有在籍會員84名，慕道友7名。
參考文獻：