位於台東縣蘭嶼鄉紅頭村漁人38號（漁人教會舊堂）、台東縣蘭嶼鄉野銀村65號（通訊處），隸屬達悟族群區會。
1948年（民國37年），駱先春牧師隨台東縣長乘軍艦到蘭嶼訪問，在紅頭村港口登陸，受到雅美族的歡迎。當時駱牧師舉行佈道大會，以幻燈片介紹福音，但雅美族除了11月祭神或巫師所說的神外，並不相信其他神祗，故基督教並沒有傳到蘭嶼各地村落。
1953年（民國42年）7月，長老教會總會派阿美族牧師顏明福至蘭嶼傳道。顏牧師以台灣山地人的身分和雅美族生活，經常照顧弱勢群體，深受雅美族人的歡迎。因其常述說台灣山地人的生活情形，雅美族人感同身受，因此較能接受入教。由於顏牧師以日語傳道，有語言困難，他便帶領紅頭村青年江敬慕及蘭嶼島山地青年服務隊總隊長李施炎入信，藉著他們的翻譯及解說，普及福音。蘭嶼須建造禮拜堂，於是選李施炎到台灣觀摩及參加講習會。此後，顏牧師又召第二批人到台灣參加培靈會，其中有江敬慕等人，其返鄕後到各部落傳道。
1953年（民國42年），雅美族各村落陸續興建茅草屋禮拜堂，信徒漸多。1954-1956年（民國43-45年）7月，總會首次派阿美族牧師李學盛來蘭嶼巡迴傳教兩年。1954年（民國43年）興建紅頭教會，是蘭嶼第一間水泥教會。同年，天主教紀守常神父來蘭嶼傳教，直到1975年（民國64年），天主教以救濟物品吸引雅美族，造成部分長老教會信徒離開。後來總會派遣顏牧師、孫雅各牧師隨同基督教福利會代表來蘭嶼調査，發現蘭嶼島的真正需要是救濟物品。初時，基督教芥菜種會、基督教福利會分發大批救濟物品至蘭嶼島，後又派福音隊、訪問隊、佈道隊、醫療服務隊等來島上關心。1957年（民國46年）內地會加拿大籍衛克琳教士，為第一位外國宣教師來蘭嶼協助教會事工，並編寫雅美文字、翻譯聖經、編輯聖詩等工作。
1959年（民國48年），總會山宣派阿美族牧師黃松清來蘭嶼巡迥工作一年，當時有蘭嶼青年廖株、周路海等人到花蓮玉山神學書院就讀，3個月後因想家而輟學，返家後仍熱心傳教；廖株後來又到新竹聖經書院接受講習數個月。
1960-1964年（民國49-53年），阿美族人曾五朗被派來蘭嶼傳道。1961年（民國50年）顏明福牧師安排謝玉珠、施加寒至台北樹林讀書一年。曾五朗在巡迴工作上分配於紅頭教會、漁人教會，成立主日學、聖歌隊、教會幹部訓練會。1961年（民國50年）椰油教會、紅頭教會牧師館同時興建落成。1963年（民國52年），數名蘭嶼青年至花蓮各基督教學校就讀：董森永、廖貴賤、賴主至玉山神學書院；學生呂南花、郭美卿、曾月橋、林舞老、周米至花蓮保姆學校；鍾順華、李進富、楊文忠、李友征至義工學校等人。此後每年選送蘭嶼青年保送至花蓮保姆及義工學校讀書，而義工學生畢業後都繼續投考玉山神學院。
1965-1970年（民國54-59年），陳金成牧師擔任蘭嶼教會工作，蘭嶼青年也完成學業，返鄕傳教。1966年（民國55年），漁人教會興建教堂，同時完成雅美聖詩，成立儲蓄互助社（後來暫停）。1971-1975年（民國60-64年），楊富男宣教師來蘭嶼，成立蘭嶼區會、朗島教會、野銀教會、基督教服務中心，並派潘昆山牧師從事農業輔導。1974年（民國63年）封立董森永教師為蘭嶼第一任牧師。
1976年（民國65年）楊富男宣教師離開蘭嶼後，由本族人董森永牧師擔任蘭嶼教會工作。除了漁人教會之牧會外，董牧師也巡迴各教會舉行洗禮及聖餐。1977年（民國66年）6月，張海嶼、周定送從玉山神學院返鄕服務教會。1980年（民國69年）9月，東清教會興建竣工且獻堂典禮，同月，加拿大籍衛克琳教士退休回國。1981年（民國70年）12月椰油教會禮拜堂落成，並舉行獻堂典禮。
本會歷任牧者有曾淵光、董新作。
參考文獻：