位於花蓮市中山路263號，隸屬東部中會。
1890年（光緒16年）9月，偕叡理牧師從蘇澳乘小舟，首次到花蓮傳道，並將一間天公廟改建為禮拜堂，是為花蓮宣教的源頭。1907年（明治40年）3月，加禮宛（今嘉里村）創立「加禮宛教會」，並任派偕八寶為傳道師，此即花蓮港教會的前身。
後來西部移居者日眾，花蓮港人口增嘉，1910年（明治43年），傳道師陳木生來此赴任，並在花蓮港春日通（今花蓮市第一信用合作社對面）租屋作為禮拜堂，一年後在現在的花蓮市中山路與節約街（當時稱「黑金通」）新造一座木造教堂，也就是現在的花蓮港教會。
1940年（昭和15年），高端莊牧師帶領信徒重建木造尖塔的聖堂，同年12月舉行獻堂。後來宋尚節博士來台傳教，吸引許多信徒前往台北、台中、台南，教會人數大增，以致原會堂不能容納，1948-1949年（民國37-38年）間，在吳天賜牧師任內擴建聖堂，又於陳瑞山牧師來任後再次擴建。然而在1951年（民國40年），花蓮發生大地震，會堂破壞嚴重，本會組織修建委員會並積極募捐，於1961年（民國50年）11月完成現今的聖堂並舉行獻堂典禮。
1955年（民國44年），本會分設壽豐、志學等2支會。1959年（民國48年）3月，籌劃設立新城佈道所，1987年（民國76年）7月，新城佈道所升格為堂會。
1977年（民國66年）5月，本會舉行慶祝東部設教百週年及花蓮港教會設教70週年紀念感恩禮拜。同年9月，購置花蓮市林森路321巷44號二層樓房一棟並設立東方教會，後來遷至花蓮市自立路。
1999年（民國88年）九二一大地震後，本會募得25萬餘元及民生用品送至總會聯合賑災，並派8位會友前往東勢參與救災。
2006年（民國95年）7月，東部中會召集66屆秋季議會，議決解散新城教會，交回由花蓮港教會負責管理。花蓮港教會接受新城教會，但因新城教會實質上已經不存在，於是更名為「新城美地」，開始嶄新的拓展復興事工。花蓮港教會婦女團契、青少年團契以及多個小組前往「新城美地」聚會。
2007年（民國96年）本會舉行設教百週年系列活動，編輯紀念特刊。同年6月舉辦「培靈與造就」研習會，邀請湯孟宗牧師分享。8月舉行「結婚週年感恩禮拜」與「恩愛夫妻照片展」。10月28日舉行慶祝設教百週年感恩禮拜。
本會迄今（2022年）歷任牧者共有18位：偕八寶、陳木生、潘打毛里、偕守義、郭貞、高端莊、吳天賜、陳瑞山、陳宏文、曾清江、李水車、吳天賜、林清廉、劉約翰、王守男、蔡斯馨、林維道、蘇燕輝。
本會2022年（民國111年）在籍會員有144名，慕道友0名。
參考文獻：