位於花蓮縣吉安鄉南昌村南昌北路56-1號，隸屬東部中會。
懷恩教會的前身為「田埔佈道所」。1971年（民國60年）6月，美港教會江天順牧師夫婦、宣教士唐華南、美港教會長老（李盟達、江金定、鄔國堅）、花蓮港教會長老（梁阿標、魏玉振、潘迺種）等人，在吳鶴、高金枝夫婦的家中舉行家庭禮拜，正式成立「田埔佈道所」。
1976年（民國65年），吳鶴購屋於吉安鄉南山五街109號，佈道所聚會暫時移至此。經美港教會開會議決，購入位於吉安鄉南山五街77號的二層樓透天厝，作為聚會的永久處所。隔年適逢長老教會東部中會設教100週年紀念，東部中會計畫運用美南差會的奉獻創設3間教會，「田埔佈道所」便在此契機下成為美港教會的支會，更名為「懷恩教會」，並於11月舉行獻堂禮拜，當時在籍會員約有12人。同時設立的還有東方教會。
本會至第三位囑託傳道黃銘恩牧會期間，在籍會友已有30名，積極推動升格為堂會。直到第四位囑託傳道馬好留任期內，才於1984年（民國73年）7月通過東部中會第44屆秋季議會的決議，懷恩教會脫離美港教會支會，正式歸屬中會。
1987年（民國76年），本會購得吉安鄉南昌路90號的二層樓透天厝，作為新的禮拜堂。1990年（民國79年），東部中會春季議會決議，本會升格為堂會，同年10月封立傳道師梁哲懋為牧師，並就任本會第一任牧師。1999年（民國88年）東部中會120週年紀念，教勢統計本會信徒戶數有19戶，成人會員35名，小兒會員15名，主日禮拜平均出席33名，奉獻2,262元。
2012年（民國101年）6月，本會購得現址的南昌北路56-1號之禮拜堂，隔年4月舉行新禮拜堂的獻堂感恩禮拜。2013年（民國102年）8月，蔡貴振傳道到任，負責青年、青少年、兒童與教會小組轉型等事工，後來封立牧師，成為本會教育牧師。
本會迄今（2022年）歷任牧者共有14位：胡三拔、鄭文理、江榮仁、黃銘恩、馬好留、唐鴻章、陳清白、胡文池、梁哲懋、廖鴻榮、白春銀、陳在惠（代理）、龐大衛、李文裕、蔡貴振。
本會2022年（民國111年）在籍會員有184名，慕道友10名。
參考文獻：