「原住民族與臺灣政府新的夥伴關係」（簡稱「新夥伴關係」），是1999年由臺灣各原住民族代表所提出來的文件。「新夥伴關係」的提出，是希望國家正視臺灣原住民族在自己土地上的被殖民歷史，並希望國家基於族群正義，與原住民族重新建立對等、互惠、尊重的夥伴關係。
「新夥伴關係」的內容共有七條，主張國家應：（一）承認臺灣原住民族之自然主權；（二）推動原住民族自治；（三）與臺灣原住民族締結土地條約；（四）恢復原住民族部落及山川傳統名稱；（五）恢復部落及民族傳統領域土地；（六）恢復傳統自然資源之使用、促進民族自主發展；（七）原住民族國會議員回歸民族代表。
「新夥伴關係」文件提出於第10任總統競選期間，原住民族代表將本文件交各組總統、副總統候選人，並要求簽署支持，但僅獲陳水扁先生回應。各原住民族代表與當時的總統候選人陳水扁先生遂於1999年9月10日，在蘭嶼共同簽訂這份歷史性的文件。2000年總統選舉投票結果由陳水扁先生當選為第10任總統，其與原住民族代表所簽訂的「新夥伴關係」內容，成為新政府重要的施政方針，也使臺灣原住民族運動進入新的階段。
由於國家對於如何實踐與原住民族的「新夥伴關係」仍在摸索，且「新夥伴關係」簽訂之一方為總統候選人，並非總統，而屢遭質疑。因此，2002年，臺灣原住民族代表重申「新夥伴關係」內涵，並針對其實踐提出12項具體的落實方案，於10月19日與代表國家的陳水扁總統簽署「新夥伴關係再肯認」協定。
「新夥伴關係再肯認」中的12項落實方案包括：
（一）協助原住民各族關於其生態智慧、土地倫理等傳統知識的重建。
（二）透過各種教育管道（包括社會教育），使臺灣人民認識並尊重原住民族文化對臺灣永續發展的重要性。
（三）持續推動以原住民各族（或部落、社群）為主體的傳統領域調查。
（四）依在地原住民族所認定的傳統領域調查結果，陸續恢復部落及山川傳統名稱。
（五）以不干預原住民各族（或部落、社群）自主性為前提，依其意願提供資源協助建立自治實體。
（六）原住民族（或部落、社群）自治實體成立之後，政府應與之協商，以土地條約或其他可行方式逐步恢復傳統領域土地。
（七）政府應依原住民族自治實體成立進程，針對國家公園、林管區、各式保護區、風景特定區，協商發展合宜的共管制度，並進行技術移轉與人才培育，以促進民族自主發展，裨益臺灣生態之永續。
（八）強化原住民族在國家永續發展、國土保育方面的決策參與。
（九）全面檢討調整原住民族地區現有的自然資源管理機制，在地原住民族對自然資源擁有優先權利；停止不當的造林計畫、裁併退輔會森保處等不合宜機構；建立水源保護區回饋制度，成立山林守護基金，運用在原住民族山林守護工作上。
（十）透過原住民族集體智慧產權制度之建立，在有關其傳統知識、包括動植礦物等物質的運用上，維護其權益；鼓勵並確保原住民族以永續方式運用傳統知識獲益。
（十一）修法落實前述原住民族發展計畫；修憲廢除山地卅平地原住民的歧視性劃分，以民族（或部落、社群）為基礎取代以個人身分為基礎的原住民族政策架構。
（十二）政府應提供資源，由原住民族、民間及學界代表組成公正的監督單位，以原住民族「能力建構」（capacity building）為指標，對政府（包括立法部門）施政、原住民族自主能力及社會認知，進行年度檢驗，並提出報告書。
參考文獻：