位於臺南市新市區南科三路10號。2019年(民國108年)10月19日正式開館營運。
國立臺灣史前文化博物館南科考古館(以下簡稱南科考古館)在科技部南部科學園區臺南園區內,與科技部南部科學園區管理局相鄰,北有84號快速道路,南有8號高速公路,東西各有1號高速公路與3號高速公路等主要道路,另臺鐵南科站、新市站、善化站相近不遠。
本館所在的位置早期原為新市鄉的第九公墓,全區地勢平坦,並緊連石頭埔遺址。該遺址上層為近現代漢人遺留,下層則發現有距今約2800至2000前的大湖文化烏山頭期,經部分範圍發掘,出土陶器主要為灰黑夾砂與泥質陶器、石器以及甕棺墓葬。
2002年(民國91年)1月臺南縣政府函請教育部「請示指定公立古物保管機關及保管地點收存保管」,並建議於臺南縣設置國家級博物館,收存保管南部科學工業園區發掘出土文物。2007年(民國96年)8月行政院同意「國立臺灣史前文化博物館臺南館整體計畫」,計畫經費9.12億元。2007年(民國96年)11月時任總統陳水扁巡視南科地區,指示:「因應發掘文物增加,所需經費由9.12億元增加至15億元,請行政院相關部會予以支持」。2008年(民國97年)2月行政院同意「國立臺灣史前文化博物館南科館整體計畫」,計畫經費15億元。
2009年(民國98年)4月3日成立國立臺灣史前文化博物館(以下簡稱史前館)南科館籌備處,並採任務編組方式執行籌建計畫。2011年(民國100年)11月因應本館興建工程所致,進行石頭埔遺址部分範圍考古發掘。2012年(民國101年)5月史前館由教育部改隸為文化部。2013年(民國102年)6月行政院公共工程委員會通過「南科館整體計畫基本設計圖說」。
2014年(民國103年)6月4日本館新建工程開工,2017年(民國106年)11月11日竣工。2017年(民國106年)12月28日取得使用執照,翌年12月26日試營運啟動。
本館受指定保存因開發臺南科學園區所進行搶救發掘的出土考古遺物,種類與數量豐富,足以了解臺灣新石器時代以後的史前文化生活。本館為臺灣西南部第一座考古專業機構,館舍基地位於石頭埔遺址上,為保護遺址特將基地向東偏移,主題建築避開遺址範圍。
本館由姚仁喜建築師設計,為地下一層、地上四層。外牆以乾掛黑色玄武岩,大廳入口、時空隧道、兒童館則以玻璃帷幕為主要外觀。以「時光回溯」與「考古工作下探」的概念結合建築體,發展「南科、生活、變遷」為展示故事主軸線,第1廳為「發現——科技與人文的對話」、第2廳「穿梭——早期人類生活大場景」、第3廳「對話——科學考古」、第4廳「兒童廳」,另設有1個特展廳。博物館的秘室為文物整理工作室,係向觀眾展示博物館文物保存與維護工作。
在成立本館籌備處前,由史前館館長兼任籌建計畫負責人(2002-2017),分別是:臧振華、浦忠成、童春發。成立籌備處後,歷任任務編組主任共4位(2017-2019.1):林志興、陳俊男、傅鳳琴、葉美珍。2019年起本館管理中心主任為黃宏文。
史前館組織架構圖如下:
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【圖一】南科考古館興建前之地質鑽探。
【圖二】南科考古館興建前之考古發掘。
【圖三】南科考古館正面。
【圖四】南科考古館地層意象之裝置藝術。
【圖五】南科考古館入口大廳。
【圖六】南科考古館第一常設廳。
【圖七】南科考古館公共藝術——蔦松一家。
【圖八】南科考古館中庭天井。