校址在花蓮縣瑞穗鄉富源村學士路30號。
「富源國小」的前身為1913年（大正2年）4月創設的「拔仔公學校」。隔年4月改稱「拔仔蕃人公學校」。1921年（大正11年）4月改為「拔子公學校」。1937年（昭和12年）4月拔仔庄地名改為白川，校名隨地名改為「白川公學校」。1941年（昭和16年）實施國民學校制度，改名為「白川國民學校」。1943年（昭和18年）4月，本校學區內增設「大和國民學校」，故停止招收大和區（大富、大豐、大興、大農等4村）的一年級新生。
1944年（昭和19年）4月創立「青年學校」，為普通科2年制。戰後1945年（民國34年）本校仍沿用「白川國民學校」。1946年（民國35年）改名為「士林國民學校」。隔年1月易名為「富源國民學校」，並撤銷附設「青年學校」。同年4月大和區四年級生轉入本校就讀。1959年（民國48年）12月，社區農村電化完成，本校推展電化視聽教學。1968年（民國57年）實施九年國民教育，改名為「富源國民小學」。本校為原住民重點學校。在2018年（107學年度），原住民學生59人，占總學生數76%，以阿美族為主。
1993年（民國82年）成立棒球隊。2008年（民國97年）參與公共電視製播紀錄片「野球孩子」，呈現花蓮富源國小少棒隊挑戰全國少棒大賽的故事。
戰前歷任校長共10位：菊地市次郎、貴島新四郎、山下虎市、橋口住行、香山三郎、井出宇一、三上孝俊、大內田安雄、友近常一、吉池國雄。戰後迄今（2024年）歷任校長共15位：湯炳賢、高嘉興、王啟福、陳阿郎、黃民覺、黃連和、黃長明、徐登文、張順富、黃超陽、林碧霞、黃信龍、黃麗花、陳立輝、周中琪。
本校規模，在初期（1915年，大正4年）有學生人數71名，發展至巔峰期（1965年，民國54年）有學生人數1028名，發展至2022年（民國111年），有學生人數66名，開設班數6班，全校教職人員15名。
【圖1】富源國小前身「拔子公學校」。（創作者：毛利之俊，PDM，花蓮縣文化局 @ 國家文化記憶庫 https://tcmb.culture.tw/zh-tw/detail?indexCode=Culture_Object&id=506010）
【圖2】富源國小校舍。（CC0，花蓮縣文化局 @ 國家文化記憶庫 https://tcmb.culture.tw/zh-tw/detail?indexCode=Culture_Place&id=589411）
參考文獻：