校址在花蓮縣萬榮鄉馬遠村2鄰39號。
學校位在中央山脈東側山麓，面臨秀姑巒溪的主要支流—富源溪（馬蘭鉤溪）。鄰近馬遠村的馬遠部落聚會所。馬遠村（Bahuan，意指山與山之間的低地）分為3個社區：馬遠社區、大馬園社區、東光社區，而馬遠國小位於馬遠社區旁。馬遠，是布農語Mahawan的台語音譯。
「馬遠國小」的前身為1933年（昭和8年）3月成立的「馬侯宛蕃童教育所」，舊校址位於瑞北西邊山脈上。1945年（民國34年），改名為「馬遠國民學校」。1953年（民國42年）10月政府為改善原住民生活計畫，遷到山腳下成立馬遠社區，分為南北2個社區，名為馬遠社區及東光社區，學校也隨之搬遷至現址（馬遠社區）。1968年（民國57年）實施九年國民教育，改名為「馬遠國民小學」。2012年（民國101年）更改為自由學區，「馬遠國小」屬特級偏遠小學，多數均為丹社群布農族。本校為原住民重點學校。在2018年（107學年度），學生皆為原住民，以布農族為主。
本校曾衍生出1個分校。1970年（民國59年）奉准設立「馬遠分校」（東光社區）。1974年（民國63年）因颱風侵襲，「馬遠分校」校舍遭吹毀，奉命拆除後，分校學生依家長意願轉往「馬遠國小」及「瑞北國小」就讀。
「馬遠國小」是萬榮鄉唯一的布農族群，校舍建築風格獨具布農丹群特色。因每年固定舉辦的射耳祭，校內便設置弓箭練習場供學童練習。學校發展特色包括傳統歌謠、傳統射箭、田徑、反曲弓射箭及科技教育，並透過社區耆老及專業師資的教導，傳承傳統文化，並發展符合學生未來發展的特色社團。
創校迄今（2023年）歷任校長共20位：莊初明、黃昭德、彭作連、王金雀、彭卓明、劉永懿、程登山、林寶通、彭文輝、周東洋、曾瑞松、徐添光、吳幸吉、楊雲英、張瓊茹、張秋美、張宏政、翁玉、林萬男、呂國良。
據2024年（民國113年）統計，有學生人數37名，以布農族（丹群）為主，開設班數6班，全校教職人員14名。
【圖1】2023年（民國112年）馬遠國小合唱團參加花蓮縣縣鄉土歌謠競賽。（呂國良提供）
【圖2】2024年（民國113年）馬遠國小校舍。（呂國良提供）
【圖3】2025年（民國114年）馬遠國小校門。（呂國良提供）
參考文獻：