校址在屏東縣牡丹鄉石門村石門路1-1號。
學校位在199縣道主要公路上，校園依山坡而建，為鄉內最高學府。
「牡丹國中」於1968年（民國57年）9月1日奉准成立。創校初期借用鄉公所為學校辦公室，鄉民義務勞動開闢山坡地作為操場。另請海軍陸戰隊司令部派工程車協助整地近半個月，奠定今日的規模。
1970年（民國59年）10月興建學生宿舍，以解決各村學生交通不便之困難。1974年（民國63年）05月11日行政院院長蔣經國由省主席謝東閔陪同視察，關懷並指示改善飲用水問題。1974-1977年（民國63-66年）籌劃增建學校餐廳，並加入農業推廣教育的先驅「四健會」，加強推行農業教育，鼓勵學生自籌學費以提高就學率。1977-1978年（民國66-67年）設指導活動中心及文化復興室。1982年（民國71年）3月設校史室。1984年（民國73年）1月闢山地文物陳列室。1984年（民國73年）6月建石門戰役圖浮雕牆。1985年（民國74年）4月出版「吾源吾鄉」鄉土教材。
1996-2000年（民國85-89年）興建育英館與修建廚房、教師宿舍、學生宿舍、後操場的駁坎水溝等。2000-2005年（民國85-89年）學生生活常規與生活教育提升，85%的學生和外地老師皆在本校住宿，融合成一個大家庭。2009年（民國98年）拆除舊教學大樓，2011年（民國100年）新教學大樓落成。本校為原住民重點學校。在2018年（107學年度），原住民學生64人，占總學生數96%，以排灣族為主。
本校曾衍生出1個分班。1968年（民國57年）開始實施九年國民義務教育之故，本校原學區包括牡丹、獅子兩山地鄉，但因山地鄉地廣人稀，交通不便，故於1969年（民國58年）「獅子分班」成立，借「楓林國小」上課。1970年（民國59年）「獅子分班」改為分部。1971年（民國60年）08月獨立設校為「獅子國中」。自此「牡丹國中」學區為牡丹鄉6村。
創校迄今（2024年）歷任校長共20位（含代理校長1位）：韓瑞光、方成崑（代理）、王錫齡、顧海濱、莊國盛、蔡桑震、王銅排、王增築、巫慶文、莊明仁、王令瑩、蔡英士、林玉珠、賴慶龍、洪玉燕、劉希聖、王家瑞、莊崇昌、郭瓊揚、賴詠清。
因學區幅員遼闊，高士、四林、牡丹、東源、旭海各村學生大多住校，60%的學生目前住校，隔代教養及單親家庭比例高，學校教育與家庭教育配合較難。學生體能佳，具體育、舞蹈、音樂發展潛力。部落傳統技藝資源豐富，易於發展在地化鄉土特色，如母語、皮雕、木雕、原住民餐飲、文化典故、習俗禮儀、狩獵、野外求生等等。1990年（民國80年）3月於山地民俗歌舞方面表現突出。1996-2000年（民國85-89年）培育民俗技藝、歌舞及體育長才。
據2024年（民國113年）統計，有學生人數62名，開設班數3班，全校教職人員16名。
【圖1】牡丹國中第八屆校慶。（牡丹國中提供）
【圖2】牡丹國中舊教師宿舍。（牡丹國中提供）
【圖3】牡丹國中慶祝雙十國慶大會。（牡丹國中提供，校門，1976年）
【圖4】牡丹國中第十六屆校慶。（牡丹國中提供）
【圖5】牡丹國中歌舞比賽。（牡丹國中提供，1984年）
【圖6】牡丹國中三角波浪型屋頂的舊教學大樓。（牡丹國中提供）
【圖7】牡丹國中教學大樓。（牡丹國中提供，2024年）
【圖8】牡丹國中校門。（牡丹國中提供，2024年）
參考文獻：