日月潭文武廟的歷史可以追溯到清代拉魯島（Lalu）上的「正心書院」，總兵吳光亮為了阻隢基督教長老教會在島上蓋教堂，於是興建正心書院，名為教化原住民幼童，但因經營不善，很快便荒棄廢學，書院供奉的神祇文昌帝君被當時聚居於卜吉庄的平地人（Holo人）迎祀於庄內的益化堂中。益化堂的主祀神為三恩主（關聖帝君、孚佑帝君、司命真君），護龍廂房設日月潭地區平地人最大姓氏「黃姓」宗族的祖祠「黃祖堂」。益化堂與位於水社庄的龍鳯宮（主祀玄天上帝與祖師公），在清末至日治初期同為環日月潭地區平地人的信仰中心。
日治大正9年（1920年），日本政府開始在日月潭興建水力發電工程，歷經15年漫長工期，到昭和9年（1934年）水庫竣工開始蓄水，水位上升後，日月潭周圍原本在湖邊的邵族部落及平地人村庄即淹浸於水中，日本政府將卜吉庄的平地人移出，另在原卜吉庄淹水線的上方成立「化番社」，用以安置水社系統的邵族人。
初時，臺灣電力株式會社曾大舉收購淹水區內的平地人耕地和房舍屋地，益化堂和龍鳯宮兩間廟宇，亦在收購之列，日本當局與居民協調另在日月潭北側的湖邊林地闢建一合祀廟宇做為補償，此即為今天日月潭文武廟的前身，原益化堂的關聖帝君、孚佑帝君、司命真君和文昌帝君，及原龍鳯宮的玄天上帝、慚愧祖師都曾合祀於新廟之中。
二次大戰後進入國府時代，由於配合政府的觀光發展政策，以及蔣介石總統等政治人物的大力支持推動，1968年開始重建的文武廟朝向觀光屬性、半官廟性質發展，至1972年鎮座安香，1976年正式落成。重建後的文武廟規模之大數倍於原廟，共有前、中、後三殿，中殿主祀關聖帝君、岳武穆，後殿主祀至聖先師孔子及儒教諸賢，合稱「文武廟」，原屬民間信仰的開基諸神，如文昌帝君、三恩主、玄天上帝、慚愧祖師等，都移祀於前殿的樓閣上，稱為「拜殿」，為一般遊客所忽略。
文武廟變成半官廟的觀光廟宇以後，於是有龍鳯宮在水社北旦重建，以及明德宮在日月村（舊稱卜吉庄）的重建，兩者都回歸到原本民間信仰性質的廟宇。
參考文獻：