位於花蓮縣卓溪鄉卓清村卓樂17鄰62號，隸屬布農中會。
卓樂教會位於卓清村的卓樂部落，這是一個以布農族群為主的部落。
1946年（民國35年），東里教會的朱阿生長老來到卓樂傳教，後來未能持續而無果。1949年（民國38年），胡文池牧師、劉傳牧師再到卓樂佈道，初信者有黃金松、田樹藤、謝清文，初期3人皆是前往清水教會禮拜。1950年（民國39年），沈金福宣道師來到卓樂接續開拓，信徒達10戶，人數約有35名。後來信徒有感於前往清水教會禮拜的路途遙遠且耗時，於是沈金福宣道師便提供自宅作為固定聚會所，此乃卓樂教會的前身。
1953年（民國42年），信徒再增加80名，信徒同心協力建造木造臨時禮拜堂，信徒持續增加。1962年（民國51年），信徒商議重建教堂，建成磚造鐵皮教堂。1992年（民國81年），再建新堂，完成鋼筋水泥教堂並啟用。
1960年（民國49年），卓樂教會曾經歷一起「手榴彈事件」。一位卓樂派出所的漢人余姓員警，屢屢趁勢欺詐村民，村民求助於沈金福宣道師出面交涉，卻引來余姓員警騷擾教會。1960年4月，余姓員警把手榴彈裝入胡文池牧師寄到教會的公文信封內，趁沈金福宣道師外出時放置在其房間床底。，再向玉里分局刑事組舉發。當晚沈金福宣道師與教會4名幹部便遭逮捕，在局中遭受刑求，包括用針刺手指及腳趾、灌鹽水、不給食物、逼迫他們踐踏《聖經》。卓樂教會、花東布農區會及會友都處於緊張狀態，教會傳道師在美南差會宣道師鮑德理牧師的協助下，藏身台北、南投。後來鮑德理牧師協同關山、台北、英國籍的牧師與宣道師向內政部反應，內政部立即派員調查，證實沈金福宣道師等人是被余姓員警誣陷，在玉里分局被監禁8天後終於被釋放。
經歷「手榴彈事件」後，教會更加興旺，信徒人數倍增，於是信徒商議重建教堂，並於1962年（民國51年）2月建成鋼筋水泥禮拜堂。1982年（民國71年），禮拜堂因數次遭颱風吹襲而嚴重破損，在高信榮牧師任內，經會員大會決議，決定重建禮拜堂，並於1992年（民國81年）4月完工，請中會議長余新雄牧師主持獻堂典禮。
本會迄今（2023年）歷任牧者不詳，已知有沈金福、田貴興、田東坡、黃順榮、吳總文、高信榮、田正義、余進仁、許幸福、高玉姍、松志勇、胡萬成。
本會2023年（民國112年）有在籍會員120名，慕道友3名。
參考文獻：