位於花蓮縣卓溪鄉卓溪村卓溪9鄰17號，隸屬布農中會。
1946年（民國35年），青年陳子實（Laung）被日本人徵召入伍，投入太平洋戰爭，在美軍俘虜營中接觸基督教並入信。日本戰敗後，陳子實被釋放回家鄉，聽說玉里有聚會所，便前往玉里教會參加聚會。隨後他引領高新輀（Kimat）、高秀雲（Niun）夫婦、長女高月嬌（Savi）、高來進（Kimat）、高金蘭（Savi）夫婦、高溪河（Kimat）、林友妹（Niun）夫婦等人，前往玉里教會參加禮拜。後來相繼有林阿福（Tiang）、林新妹（Savi）、林錦妹（Uli）、林松元（Qaisul）、高秋亮（Qaisul）、高愛妹（Ali）、高秋吉（Kimat）、Ali Tiang、Savi、高花妹（Tuhua）、高朝金（Qaisul）、高朝宗（Kimat）、高獻庭（Kimat）、高獻修（Hangaz）、高朝勇（Sauli）、Hamul、馬文達（Sipal）、馬聰明（Tiang）、馬聰敏（Adal）、林家乾（Tiang）、林蓉妹（Tana）、林秋凱（Laung）、高鳳美（Savi）、林秋水（Laung）、林正妹（Niun）、黃元信（Aziman）、黃香妹（Ibu）、黃婁雲（Laung）、Tana Subali夫婦、Buaz Ibu夫婦、余阿妹（Makav）、余萬木（Laung）、余萬成（Muuz）、高天德（Qaisul）、高佰霞（Abus）、高宗榮（Qaisul）、高秀英（Akuan）、Laung Lagui夫婦、張福妹（Aping）、張素妹（Savi）、Akat Uli夫婦、張德和（Dusqav）、張燈德（Lumav）等人入信。1946年至1948年（民國35-37年）期間，信徒陸續到玉里教會禮拜，隨後自主建造教會，「卓溪教會」由此誕生。
1948年（民國37年），眾人搭建木造茅草屋禮拜堂，隔年卻被大水沖毀，信徒只能改在一棵Lislis大樹下聚會，有時借用Ali Tiang住家作為聚會所。1952年（民國41年），本會購置木造茅草屋並修建，為第2次建堂。然而因使用年限已久，安全結構堪慮，再次計劃重建新堂。1968年（民國57年），開始第3次建堂，並於隔年8月完工獻堂。新禮拜堂以水泥磚瓦建造，但卻在莎拉颱風來襲時遭土石流淹埋，會友只得借用高獻庭執事的住家召集聚會。1971年（民國60年），會友啟動第4次建堂計畫，於1994年（民國83年）動土興建，1995年（民國84年）12月獻堂啟用。
本會迄今（2023年）歷任牧者不詳，已知有馬聰敏、林秋水、吳聰文、田榮順、田貴興、黃金生、田定義、林明武、田東波、朱梅珠、高信榮、蘇畢娜、撒萊．諾阿南。
本會2023年（民國112年）有在籍會員154名，慕道友8名。
參考文獻：